皖南事变发生后，国共双方互相指责：国民党方面认为新四军违抗中央命令，共产党一方则把这次事变当作国民党蓄谋已久要消灭新四军的一场阴谋。周总理在《新华日报》上愤然写下了“千古奇冤，江南一叶;同室操戈，相煎何急?”的题词。
11月9日，朱德发出电令，只同意将长江以南的新四军移到江北。国民党军令部迅速反应，在何应钦、白崇禧的示意下拟呈《剿灭黄河以南匪军作战计划》，于11月14日上报蒋介石，要求批准执行。客观来看，此前国共双方军事上虽有许多摩擦，但都仅限于局部，影响有限。而《剿灭黄河以南匪军作战计划》要用武力解决遍及黄河以南的河南、山东、安徽、江苏和浙江几省交界地区的八路军和新四军，等于发动大规模的“剿共”战争，这不仅有碍抗战，也很难实现。因此，军令部的呈文到后，蒋介石一直拖着不签。
蒋介石的目标很明确，把八路军和新四军驱赶到黄河以北的冀察(河北和察哈尔)两省，限制共产党的军事扩张即可。采取军事手段从根本上解决问题，并非他此时想达到的目的。
皖南事变不可告人真相 皖南事变烈士陵园
中共方面却得陇望蜀。1940年11月下旬，经中原局书记刘少奇建议，毛泽东批准，华中指挥部实施对苏北曹甸的战斗，力图一鼓作气解决韩德勤在在苏北的力量。11月29日，曹甸战役打响。
叶挺担心曹甸一战会给新四军总部带来不利影响，当天就请示中央：“苏北动作能否延至我安全北渡之后?”毛泽东复电说：“苏北动作无关大局。顾祝同(新四军直接领导)可能会叫几下，你们敷衍一二。北渡是让他们一步，以大局观，蒋、顾不会为难你们。现在开始分批北移，十二月底移完不算太迟。”
三天后，国民党军令部作出激烈反应，要求汤恩伯部迅速东进增援曹甸。何应钦则进一步批示：“可令汤恩伯东进，但仍恐缓不济急。故对在江南之新四军不准由镇江北渡，只准由江南原地北渡。或另予规定路线，以免该部直接参加对韩德勤部之攻击。若江北共军竟敢攻击兴化，则第三战区应将江南新四军立予解决。”
12月4日，军令部长徐永昌将何应钦的意见写为正式呈文报与蒋介石，蒋当即批复照办。曹甸战役中，参战的新四军因伤亡过大，被迫提前撤出。受此影响最大的，是江南新四军军部，因为自此之后，新四军不能再走东线，经苏南北移变得困难重重。但毛泽东在分析了各种情报后判断，如果让新四军继续逗留皖南，危险会更大。因此，他坚决主张部队迅速北移，并力主兵分两路，冒险经苏南北渡。然而，将帅失和延误了北移的时机。叶挺和项英长期不和在新四军中几乎是公开的秘密。
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新四军的前身是项英、陈毅领导的南方八省红军游击队。作为中共六大选出的中央政治局委员，项英理所当然地成为新成立的中共中央东南分局和军委新四军军分会书记，同时兼任新四军唯一的副军长。在实行党委负责制的新四军军中，项英享有至高无上的权力。而作为国共两党商定的新四军军长人选、非党军事干部叶挺，在新四军里的地位则有些尴尬，党内的重要报告他不能听，无法参与党委的决策，中央的重要文件也不能看，他作出的决定没有项英点头是无效的。日积月累，叶挺和项英的矛盾不可避免地产生了。
正如陈毅回忆说：“项英对叶挺军长不尊重，不信任，不让其独任军部的工作，一直到包办战场指挥，强不知以为知。”项英不仅在军事上不尊重叶挺，在日常工作和生活方式上，对叶挺也颇多微词。叶挺到部队视察时，喜欢以马代步，带的副官、参谋、卫士等随行人员也比较多，前呼后拥一大帮。项英到部队去则习惯于轻车简从，所以他认为叶挺是摆官架子，不符合红军官兵一致的作风。叶挺仪表堂堂，穿着整洁，平时不是穿黄呢将军服，就是穿皮夹克、西装等便衣，很少穿新四军的深灰色制式军装。
项英则剃光头，无论冬夏，新四军制式军装不下身，隆冬时节也只穿一件旧棉大衣。叶挺单独吃小灶，还从广东带来一个厨师。叶挺酷爱摄影，闲暇时，常挎上一架从国外带回的德国产相机拍摄驻地附近的风光。国内外人士来访时，他也总爱拍些照片以作纪念。他的交际活动较多，常叫厨师做些广东客家名菜，邀请各界朋友一起聚餐。项英也被邀去吃过一两次，但后来感到“不妥”，就再也没去过。他认为这不是无产阶级的“艰苦奋斗”生活作风，他还是提醒其他人尽量少去，军部里的人就渐渐和叶挺疏远了。
而叶挺是个自尊心极强、性格极倔强的人。广州起义失败后，他不服李立三和王明的压制，曾愤然脱党出走。项英一看到叶挺，就用有色眼镜看他：“他对党对革命还能忠诚吗?”“他能接受党的领导吗?”这些想法，中共中央领导人起初也有过，项英也知道毛泽东、党中央开始对叶挺并不信任，可是经过面谈和一段时间的观察，中共中央对叶挺已经完全信任。而项英的思想一直没有转过弯来，一直把叶挺作为统战对象来看待。所以在新四军中出现了军长的命令，需要副军长批准的怪现象。为此，叶挺忍无可忍，曾于1938年两次离开军部出走，后经劝解回来。周恩来还亲赴新四军军部调解叶、项矛盾。
毛泽东曾多次致电项英，提醒他“对新四军的政治领导不能改变，但应尊重叶挺的地位和作用”，“军事指挥交由叶挺来办”，“在新四军中进行教育，以确定对叶挺的正确态度”，“请始终保持与叶挺同志的良好关系”。多方调解下，叶项的抵牾有所缓解。然而，根本性的分歧没有消除，并出现在了皖南事变爆发前夕。
其实，中共中央早已确定了新四军向东、向北发展的指导思想。对此，项英从一开始就不积极，犹豫不决。出于对军部安全的关心，中央屡次致电项英，提出“皖南军部以速移苏南为宜”。陈毅、粟裕等同志也纷纷给项英发电报、写信，劝他早下决心，争取主动，尽快把军部迁往江北或苏南。但由于项英长期从事游击战争，害怕东进、北上深入敌后无山地依托，难以生存发展，一直下不了移动决心。他给中央发了许多很长的电报，一再强调移动有困难，有危险。
叶挺则认为，中央立足全局提出的军部转移要求，及时而重要，应当坚决执行，不应从中作梗。他向项英明确表示：他理解党中央的意图，拥护党中央的指示。但叶挺也清楚，自己一个党外人士的意见算得了什么?他抱定这样的态度：自己有意见要说明白，项英听不听，那是他的事，他有决定权。
直到1940年12月，形势已万分紧急，毛泽东也再三催促，可项英仍顾虑重重，对北移不置可否。12月9日，蒋介石发电：“限令黄河以南八路军新四军，至1940年12月31日前必须开到黄河以北地区;长江以南新四军限于1940年12月31日前开到长江以北地区，并于1941年1月31日前撤到黄河以北地区。”
12月10日，曹甸战役炮火连天，蒋介石给顾祝同发出特急电报：
(一)察苏北匪伪不断进攻韩德勤部，为使该军江南部队(新四军)不致直接参加对韩部之攻击，应不准其由镇江北渡，只准由原地北渡，或由该长官另行规定路线。
(二)该战区对江南匪部，应照前定计划，妥为部署。如发现江北匪伪竟敢进攻兴化，或至期限该军仍不遵令北渡，应立即将其解决，勿再宽容!
12月16日，曹甸战役因八路军、新四军无法取胜而草草收场。
受此鼓舞，国民党军方领导人想在军事上彻底解决中共威胁的愿望愈发强烈。何应钦直接上书蒋介石，要求第三战区应准备“立即将江南新四军予以解决”。胡宗南干脆拟定了进攻中共“首都”延安的作战计划，并密电蒋介石，要求蒋乘正面敌情“甚和缓”之机，“调整战略配置”，增调部队到陕甘，以“应付非常事变”。白崇禧扬言：“此次对于军事已有把握，不至再败”，并力主由第三战区和皖北桂系军对皖南新四军实施南北夹击。
基于抗日大局的需要，蒋介石对军事将领的种种要求，坚不松口。他的基本方针是：“一面则准备军事，一面则仍主政治方法解决，不使全面破裂。”问题是，手令既下，时限既定，已成骑虎之势。批准了军令部的《剿灭黄河以南匪军作战计划》，就意味着国民党军必定会对黄河以南抗命不遵的中共军队展开行动，届时国共之间难免会出现全面破裂的危险。
事实上，蒋介石敢于批准军令部的计划，很大程度是基于对苏联政策的估计。在他看来，中共的态度受苏联的影响很大。而苏联与日本此时关系紧张，对国民政府则态度友善，他相信，即使发生战事，至少“中共当不致扩大叛变”。但他毕竟没有十成的把握，为此，他不得不尽力限制冲突烈度，以便在万一必须驱赶中共军队的情况下避免破裂两党关系。因此，他绝不同意胡宗南的陕北作战计划，坚持其他地方必须暂取守势，且希望实施《剿灭黄河以南匪军作战计划》时，能把战事局限在“中央提示案”所规定的部队移动范围之内，以便师出有名。
计划批准后，见新四军仍无按期北移的决心，蒋介石明显感觉事情会闹大。12月25日，他专门召见了中共代表周恩来，以“极感情的神情”向周透露了他的担心，告诉周说：“你们一定要照那个办法开到河北，不然我无法命令部下。苏北事情闹大了，现在谁听说了都反对你们。他们很愤慨，我的话他们都不听了。”他暗示周，再不听令怕难免一战，并说：“我也不愿意内战，不愿意自相残杀，问题是新四军如果非留在江北不可，大家都是革命的，冲突决难避免，我敢断言，你们必失败”。
《剿灭黄河以南匪军作战计划》经蒋批准后，顾祝同于12月20日密令所部，分途向皖南新四军驻地集结包围，构筑碉堡，只待蒋一声令下，便“彻底肃清匪巢”。然而，对北移路线中共内部一直争论不休，没有明确方案。蒋介石的意思是新四军原地直接北渡，顾祝同也让李品仙做出了放行的姿态，一定程度上解除了中共的顾虑。毛泽东在27日的电报中肯定了直接北渡的方案，只是提醒叶项“仍需对桂军戒备，以防袭击”。
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但人在重庆的周恩来对此并不乐观。在给中央的电报中，他称“李品仙已在布置袭击我的阴谋”。据党史专家杨奎松分析，这个论断源于12月25日周恩来得到的一份第二十一集团军关于分区清剿计划的情报。事实上，这一计划只是为了防止新四军北渡后不依照命令北上，“延留滋扰”而设计的。但周恩来不敢掉以轻心，他坚持最好分批走苏南北渡，这与叶挺的方案不谋而合。然而，走东线北移，即经苏南北渡是国民党明令禁止的。因为中共之前打了曹甸，新四军也有小股部队参战，恼羞成怒的国民党为防新四军借北移之名，再行攻打曹甸之实，早就派两个师把守了东去的道路。
形势千钧一发，中共却并未察觉。12月28日，项英主持召开新四军扩大会议，决定冒险南下，绕开52和108师，迂回到天目山，再到溧阳，待机北渡。会后，项英将这一方案电告中央。1941年1月3日，中共中央在收到项英的电报后当即由毛泽东起草复项英电：“你们全部坚决开苏南，并立即出动，是完全正确的。”接到中央的复电，项英、叶挺于1月4日率军南下茂林，按照上述方案行动。可惜，国民党第三战区在茂林的包围圈已经形成，顾祝同等调动部队的初衷是：如果新四军不遵命令北移便进攻云岭的新四军军部。没想到新四军出其不意走南线，误打误撞地钻进了国军的口袋里。叶挺和项英错误估计“现彼方军队正调动，布置尚未完毕”，想趁其不备急行军突进。悲剧已无可避免。
1月4日夜，新四军9000余人，编成三个纵队，分三路开进。6日前进到茂林地区时，与国民党的第四十师遭遇。叶挺主张付出一些代价突破在前堵截的星潭敌军防线，项英一直犹豫不决。在形势十分危急的情况下，新四军领导层为讨论是否攻打星潭的会议一直从下午3时开到夜间10时，长达7个小时，得不出结论，失去了突围的最后时机。这就是皖南事变中令人惊诧的“七小时紧急会议”。叶挺忍无可忍，气愤地对项英、袁国平、周子昆说：“现在我们陷入了重重包围，不打一场恶仗不花一些代价，是冲不出包围圈的。时间就是胜利。不能总是犹豫不定，总是没有决心。你们的意见到底怎么样?请快说出来。我的态度是，错误的决定我也服从。现在请项副军长作决定吧，你决定怎么办就怎么办。”
7日，顾祝同与上官云相下令第三战区第32集团军8万多人向新四军发起总攻。项英曾数次发报给延安，要中央向国民党交涉停火，但毛泽东并无相关回应。1月9日，刘少奇给毛发电问起项英的情况，毛回电说他什么也不知道。
最终，项英没有同意叶挺的主张，决定部队由原路折回，改向西南前进，使已取得一线转机的新四军陷入绝境。10日，新四军总部向毛报告：“支持四个昼夜的自卫战斗，今已濒绝境，干部全部均已准备牺牲。”“请以党中央及周恩来名义，速向蒋、顾交涉，以不惜全面破裂威胁，要顾撤围，或可挽救。”12日，毛要周恩来“向国民党提出严重交涉，即日撤围”。周恩来在13日向国民党提出抗议，但为时已晚。中共中央电告叶挺：“中央决定，一切军事、政治行动由叶军长、饶漱石(东南局副书记)二人总负责，一切行动决定由叶军长下。”在失去星潭突围这一最好战机后，叶挺组织部队分批突围，以保存实力。14日，在饶漱石的建议下，为营救被困在山上的部队，叶挺下山与敌谈判，结果被扣入狱。9000余人的皖南新四军部队，最后突围出去的只有两千人。饶漱石见叶挺迟迟不归，感觉凶多吉少，便组织部队分头突围，历经险阻，终于在17日下山脱离危险。
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项英、袁国平、周子昆在离开部队后，见满山都是敌人，又折回来随大部队行动。袁国平受伤后，为了不拖累战友而自杀。3月12日，项英一行近两个月的转移和隐蔽，到了赤坑山上的蜜蜂洞。洞较小，只能住下四人，就住了项英及副官刘厚总、周子昆及警卫员黄诚。项英和周子昆身上带着大量作为新四军军费的金条，却引来了杀身之祸。13日凌晨，刘厚总枪杀了项英和周子昆，又对黄诚打了三枪，取走了他们的武器和随身携带的黄金、银元和金表，下山向国民党投降去了。刘厚总隐姓埋名，“消失”了很长一段时间，直到1952年被人认出，随即被逮捕枪决。
事变爆发后，国共两党互相指责。3月17日，蒋介石发布命令，宣布新四军为“叛军”，取消新四军番号，将叶挺交军事法庭审判。中共毫不退让，进行回击。20日，中共中央军委发布重新建立新四军军部的命令，陈毅为代理军长，刘少奇为政委。虽然在各界的努力和斡旋下，两党暂时达成了和解，但由此引发的国共关系的重大改变，却不是这种妥协所能消弥的。
皖南事变成了抗战期间国共关系逆转的一道分水岭。事变前，中共军队虽然已经在独立指挥、自行发展，但它仍隶属于国民政府，至少名义上随时呈报并请领军费，形式上使用着统一的货币，遵守着统一的政令法令。国共军事上的磨擦也仍可通过正常途径反映协商。因此，蒋之命令或要求，一般还具有一定的约束力。事变之后，国民政府断绝对中共军队的一切供给，切断了与中共军队的一切联系。中共政权从此断绝与国民政府间的一切上下级关系，自设银行，自发货币，自定法规法令，自行其事，完全脱离国民政府而自行存在。从此调和两党关系之困难，也就可想而知了。
皖南事变烈士陵园位于皖南泾县城郊的水西山。1990年初，为纪念皖南事变新四军将士殉难五十周年而修建，占地十五公顷，建筑面积7000平方米。
皖南事变烈士陵园，由入口纪念碑、主题广场、主碑纪念广场和无名英雄烈士墓四个纪念性空间序列配以皖南事变史料陈列室有机组合而成，整座陵园以邓小平题写的“皖南事变死难烈士永垂不朽”纪念主碑为中心，结合山形地势，将各纪念建筑组成一个完整有序、庄严肃穆的有机整体。陵园的入口利用两边的高岗形成了相对的两个“土阙”，成为陵园的天然门户。入口跨公路建有四座七米高具有皖南特色的石阙，四座厂阙以数字寓意新四军的四，七米高隐喻皖南事迹悲壮惨烈的七天七夜，形成了纪念性空间的第一序列。
进入陵园后，沿台阶向上约三十米，是一个不规则的小型广场。正对面的挡土墙上镶嵌着叶飞题写的“皖南事变烈士陵园”字碑，点明陵园的主题，形成了纪念性空间的第二序列。从广场右转，是一条五十米长的神道，神道正对着由两个石阙形成的神门，神道的石阶宽度逐步缩小成梯形，加强了透视感，使人们在感受觉上延伸了神道的长度。神道有九十级台阶分成三个层次，喻意当年九千新四军将士成三路纵队东进抗日。
