亚特兰提斯的故事，始於古希腊哲学之祖-柏拉图(西元前427~347)，在其最晚年的着作『克里特阿斯』和『提迈奥斯』两本对话录中都有提示。故事开始於距今9000年前，在『海克力斯之柱』的彼方，有个『亚特兰提斯』王国。当时亚特兰提斯正要与雅典展开一场大战，没想到亚特兰提斯却突然遭遇到地震和水灾，不到一天一夜就完全没入海底，成为希腊人海路远行的阻碍。
传说中，创建亚特兰提斯王国的是海神波士顿(Poseidon)。在一个小岛上有位双亲俱殁的少女，波士顿取了这位少女并生了五对双胞胎，於是波士顿将整座岛划分为十区，分别让给十个儿子统治。并以长子为最高统治者，因为这个儿子叫做『亚特拉斯』(Atlas)，因此称该国为『亚特兰提斯』王国。
岛中央的卫城中，有献给波士顿和其妻的庙宇及祭祀波士顿的神殿，此神殿内部是以金、银、黄铜和象牙装饰。亚特兰提海岸设有造船厂，船坞内挤满着三段桨的军舰，码头都是来自世界各地的商船和商人。亚特兰提斯十分富强，除了岛屿本身物产丰富外，来自埃及、叙利亚等地中海国家的贡品也不断。
十位国王分别在自己的领土握有绝对的权力，各自采行不同的国家组织，彼此间为了保持沟通，每隔5~6年便在波士顿神殿齐聚一堂，讨论彼此的关系及及统治权力，当协议成立後就割断饲於波士顿神殿中的牡牛喉部，以其血液在波士顿神殿的柱子上写下决议条文，以增添决议神圣不可侵犯的权威性。
10位国王都很英明，国家也都很富强，不幸的是这些国家不久以後便开始腐化。众神之首宙斯为惩罚人们的堕落，於是引发地震和洪水，亚特兰提斯王国便在一天一夜中没入海底。
柏拉图的亚特兰提斯故事中，还暗示柏拉图时代以前的希腊，所使用的希腊文字与柏拉图时代不同。
探究的开始
关於柏拉图的亚特兰提斯故事，是否为历史事实，很早就有争论。
柏拉图的学生亚里斯多德就认为：亚特兰提斯并不是历史事件，只是要唤醒世人远离腐化而虚构的故事。不过因为附会的一些历史事件，於是就有人兴起寻找故事根据的行动。
因为亚特兰提斯很容易令人联想到大西洋(Atlantic Ocean)，因此人们就先由大西洋开始寻找亚特兰提斯，不过并未找到类似的地方。一般说来，要确定亚特兰提斯故事的舞台，必须具备两项基本条件：第一是经挖掘後，用科学调查方法能证明的确存在过文明；第二是有证据显示该地区的文明，是因地震或火山爆发等突发性天灾异变而消失。但至今大西洋仍未找到满足这两项条件的地方。
因此又有人将传说中曾经存在於太平洋上的『莫尔大陆』，或印度洋上的『列牟利亚大陆』与亚特兰提斯故事相连接。其实当初人们将注意力都集中於海洋，只因为柏拉图的亚特兰提斯故事，明白指出亚特兰提斯王国没入海底，但是在所有海洋上都不曾发现满足两个条件的地方。
就在近乎绝望的时候，德国考古学家舒里曼发现了特洛依(Troy)遗址。舒里曼在幼年时期接触到特洛依战争故事，因而兴起探寻特洛依的念头。
在此故事中，出现了宙斯等希腊神话中的众神，因此人们一直认为这并不是历史事实，只是荷马脑海中的产物，凭空想像罢了。但是舒里曼却深信特洛依应该是真的，因此就学习希腊话，并筹措挖掘遗址所需的资金，最後在1873年终於大功告成。
特洛依城就位於土耳其境内，从此就确定特洛依战争是西元前1200年前後的事件。由於人们原本认为特洛依战争只是虚构的，没想到竟然也具有历史的背景，於是人们又兴起对亚特兰提斯的兴趣。
诺萨斯宫殿的发现英国人艾凡斯依据舒里曼敏锐的直觉，就收购位於希腊南部的克里特岛，并於1900年发掘出诺萨斯宫殿。诺萨斯宫殿面积大约2万平方公尺，主体分为四层楼，有1200~1500个房间，艾凡斯据此推测，包括宫殿周围大约有8万人居住於此，并说『此地完全看不到希腊和罗马的遗物』。後来这个文明就叫做迈诺斯文明。
艾凡斯发现迈诺斯文明後，後来的学者发现这儿和柏拉图的亚特兰提斯有一些共通之处。例如，在克里特岛上除了诺萨斯宫殿外，北岸的『玛莉亚』，东岸的『加都沙克罗斯』，南部的『费斯特斯』等地也都找到宫殿遗迹，居住於这些宫殿的统治者之中，似乎以诺萨斯国王最具权力。这与亚特兰提斯的故事中的状况相似。
另外，亚特兰提斯也十分注重牛，在克里特岛，现存於壁画中可看到跳牛背的年轻人图案，酒器也有牛的图案，而黏土制棺材上的葬礼画中，所绘的牺牲品也是牡牛。克里特岛上关於牛的神话也很多，其中之一是大家耳熟能详的牛头人身怪物米诺陶洛斯，此怪物被囚禁於诺萨斯宫殿般的迷宫中，後来被雅典英雄铁修斯杀死。而在玛莉亚和加都沙克罗斯也发现码头的遗址，由壁画中可以见到华丽的船只。
巧合的是迈诺斯文明也是铜器文化。这些事实与亚特兰提斯故事中的情景都相当吻合。
西元前1400年时期迈诺斯文化突然崩溃，其直接原因是来自希腊本土的麦锡尼人的入侵，但後人知道麦锡尼人入侵之前，克里特岛突然发生天灾地变，更加强了迈诺斯王国历史和亚特兰提斯故事的相似性。
关於崩溃的疑问和圣多里尼岛
1939年希腊考古学家马里那多斯调查克里特北岸的『奥姆尼苏斯宫殿』，发现该地的损害状况并不只是单纯的地震所造成。例如宫殿西壁的大石头掉落到外面，而且还有一些巨石找不到，大概是被随地震而来的海啸搬走了。
此外，克里特岛其他地方也都可以发现同样是由海啸所造成的损害情形。
克里特岛的东北部也可看到火山爆发之後的火山灰和浮石。能造成地震、海啸和火山喷出物的天灾地变只有火山运动，不过克里特岛上并没有火山，而根据物理地理学确定，此地方的火山应该是位於克里特岛北方的圣多里尼岛。
圣多里尼岛目前还有旺盛的火山活动。马里那多斯在1939年挖掘『奥姆尼苏斯宫殿』时，发现到很别致的百合花壁画，此壁画於中央划分为两段，百合花绘在上段。马里尼多斯认为这象徵由两个岛屿形成的迈诺斯王国，较宽的下段是克里特岛，而上段则为圣多里尼岛。
而在柏拉图的亚特兰提斯故事中，半径9公里左右的小岛，和其南方拥有广大平原的大岛，大概就是指圣多里尼岛和克里特岛。
在1967年时，马里尼多斯又在圣多里尼岛南部展开挖掘工作，结果在火山灰下挖出面积约2万平方公尺的宫殿遗址，其规模并不下於诺萨斯宫殿。其中有许多华丽的壁画，包括好像将克里特岛和圣多里尼岛连结起来的舰队。不过这些壁画的画风与克里特岛略微不同，比较偏向於展现舒缓的市民生活状况。
圣多里尼岛的喷发圣多里尼岛将大约直径10公里的海洋围起来，外型像个甜甜圈，包括中间海洋部份约为20公里，很像亚特兰提斯故事中半径9公里的『小岛』，岛中央面向海洋的断崖高达200~300公尺，此断崖延伸到海中深处，包括突出海面部份，大概有500公尺之高。
而内海中央有『内亚加梅尼』小岛，岛上有个活火山。因此，我们可以推想：
圣多里尼岛曾经是个略呈圆形，中央没有海洋的岛屿，因为剧烈的火山活动，使得岛中央陷入海底，形成破火山囗，之後海水灌入形成目前的形状。
1956年访问此地的地震学教授葛拉诺布诺斯，他立刻发现到此事实，并进行各种调查。他发现被火烧过的石屋废墟，立即前往收集陶器、石器、烧过的松木片，以及人骨和牙齿。结果用碳14法监定松木片的年代发现，此木片於西元前约1400年前烧过，此结果与用同样方法监定诺萨斯宫殿崩溃年代刚好吻合。
我们可以推想：西元前1400年左右，圣多里尼岛的火山大肆活动，通常火山爆发之前会先发生相当频率的小地震，随之而来的喷发则喷出大量的浮石和火山灰，顺着此地区夏季的地中海季风，西飘到克里特岛等地，这就是克里特岛东北部发现大量火山灰和浮石的原因，即使到现在只要一吹起西风，这附近的海面还会铺满火山灰和浮石，宛如亚特兰提斯故事中所述的情景。
浮石和火山灰喷出以後，地底变成中空，地表因而下陷，成为广达直径10公里，断崖高度数百公尺的破火山囗。破火山囗形成的同时也引起巨大的海啸，由破火山囗的直径和深度可以推测，这次海啸的周期是数十分钟，高达200公尺，如此大落差的海啸袭击克里特岛北岸必定造成极严重的损害，因此彻底摧毁迈诺斯文明，希腊本土麦锡尼人的入侵，可算是对迈诺斯文化最後的一击。
葛拉诺布诺斯的推测由上述推测得知，西元前1400年时期发生在圣多里尼岛的天灾巨变，很像是柏拉图亚特兰提斯故事的结尾。但至少还有两个问题不能确定：一是亚特兰提斯故事中提到的『海克力斯之柱』，一般是指直布罗陀海峡，但由希腊算起，迈诺斯王国并非在海克力斯之柱外面；其二是，柏拉图指出使亚特兰提斯王国灭亡的天灾，发生在由柏拉图时代算起的9000年前，但这麽古老的时期，连人类最早的美索不达米雅文明、埃及文明都还没出现，更别说迈诺斯文明了。
根据葛拉诺布诺斯的调查，柏拉图以前的希腊人指出，希腊本土南端的马力亚？和提那伦？为海克力斯之柱。如此的话，迈诺斯王国自然就在海克力斯之柱外面。
关於第二个问题，葛拉诺布诺斯说明如下：在亚特兰提斯故事中，出现很多以『1』为单位的数，和以『1000』为单位的数，如果将前者照算为「1」，後者则以所示数的『10分之1』来解释，那麽亚特兰提斯和迈诺斯王国之间的细节就比较合乎逻辑。由柏拉图的时代往前追溯900年（9000年的10分之1），正好是迈诺斯文明崩溃的西元前1400年前後。另外，在关於亚特兰提斯文章中也有提到，『大岛的平原大小东西长3000斯塔吉安（约540公里），南北宽2000斯塔吉安（约360公里）、家畜数6万、战车数1万、战船数1200』。因此如果依照葛拉诺布诺斯的说法，似乎比较适合克里特、圣多里尼岛的实际状况。
而且他也强调，在迈诺斯的线形文字中，表示百、千、万的符号很容易被混淆而引起混乱。
令人惊讶的雷同性如果以赞成的立场来仔细观察，可以发现在地中海各地流传着很多与发生在西元前1400年时期，与圣多里尼岛火山喷发有关的史实和传说。
埃及第18王朝第10代法老王阿克纳顿（西元前1379~1362），他是埃及历代法老王中唯一信奉一神教的，崇拜以圆板为象徵的太阳神阿顿，将首都由底比斯迁到提尔艾亚麻纳。为什麽埃及只有在阿克纳顿短短的在位期间崇拜太阳神？
或许，是因为圣多里尼喷发的火山灰乘风到埃及，暂时遮蔽了阳光，使他了解到太阳的重要性，因而崇拜太阳神。
依照『旧约圣经』中『出埃及记』的记述，王子摩西为以色列（希伯来）人，上帝在西奈山只是摩西「十诫」後，他就带领同胞离开埃及，不过埃及法老王却派兵追逐这些人，正在逃命的途中却发现广阔的大海挡住了去路，正当不知所措时，摩西将手伸出，海水立即退乾，以色列人始得脱离险境，而追来的埃及军队却被再度涨起的海水吞没。
奥地利精神分析家佛洛依德认为，摩西应该是在阿克纳顿逝世後的西元前1360年前後离开埃及。如此的话，就能将『十诫』与圣多里尼喷火，『红海的奇迹』，与圣多里尼破火山囗形成时的大退潮大涨潮等现象连结在一起。
另外，多数圣经考古学家认为旧约圣经中的『红海』，并不是现在的红海，而是地中海沿岸的巴达威尔湖，在这地方就有可能发生与圣多里尼海啸有关的『红海奇迹』。
1928年前後，法国考古学家在叙利亚北部进行挖掘调查，後来发现成为『乌葛里特文』的黏土板文书，根据其记载，乌葛里特地区在西元前1365~1370年之间，曾饱受地震与海啸的肆虐。
南英格兰的史前巨石柱群，以及由威尔斯、苏格兰、爱尔兰经法国（不列塔尼）、西班牙、葡萄牙、到科西嘉等地中海岛屿都有巨石遗迹，其总数大约有五万处。
在这些遗迹中，可以发现迈诺斯、麦锡尼文化的踪影，因此可确定负责设计、监造的人来自爱琴海。巨石遗迹都建造於西元前1800年到西元前1400年前後，但於西元前1400年左右以後突然停顿，不知是否与迈诺斯王国的崩溃有关？这些令人讶异的雷同性，更令人加强确定克里特、圣多里尼两岛上的迈诺斯王国，和柏拉图所说的亚特兰提斯的关系。